پیشینه تحقیق اصلاح نژاد و اصلاح نژاد ژنومی دارای ۳۰ صفحه می باشد فایل پیشینه تحقیق به صورت ورد  word و قابل ویرایش می باشد. بلافاصله بعد از پرداخت و خرید لینک دنلود فایل نمایش داده می شود و قادر خواهید بود  آن را دانلود و دریافت نمایید . ضمناً لینک دانلود فایل همان لحظه به آدرس ایمیل ثبت شده شما ارسال می گردد.

فهرست مطالب

۲-۱- اهداف اصلاح نژاد    ۴
۲-۲- روش‌های ارزیابی کلاسیک    ۴
۲-۳- استفاده از منابع اطلاعاتی نشانگری    ۵
۲-۴- انتخاب به کمک نشانگر    ۶
۲-۵- چند شکلیهای تک نوکلئوتیدی    ۷
۲-۶- میکرو تراشههای DNA    ۷
۲-۷- انتخاب ژنومی    ۸
۲-۸- مزایای انتخاب ژنومی    ۱۱
۲-۹- روش‌های آماری پیش‌بینی ژنومی    ۱۱
۲-۹-۱- انتخاب متغیر:    ۱۳
۲-۹-۲- افت برآورد:    ۱۳
۲-۱۰- روش‌های بیزی در انتخاب ژنومی    ۱۴
۲-۱۱- استنباط ژنوتیپی    ۱۵
۲-۱۱-۱- استنباط مبتنی بر شجره    ۱۶
۲-۱۱-۲- استنباط مبتنی بر ساختار جمعیت    ۱۶
۲-۱۲- اصلاح نژاد ژنومی در گوسفند    ۱۷
۲-۱۳- مروری بر نتایج برخی مطالعات انجام شده    ۱۸
منابع و مأخذ    ۲۴

منابع

عبداللهی آرپناهی، ر. پاکدل، ع. زندی باغچه مریم، م. ب. ۱۳۹۱٫ از مدل توارثی بی نهایت ژنگاه با اثرات جزیی (Infinitesimal model) تا انتخاب ژنومیک (Genomic selection). فصلنامه ژنتیک نوین. ۲(۲۹): ۱۰۵-۱۱۴٫

عبدالهی آرپناهی، ر. پاکدل، ع. نجاتی جوارمی، ا. مرادی شهربابک، م. ۱۳۹۲٫ مقایسه روش‌های گوناگون ارزیابی ژنومیک در صفاتی با معماری ژنتیکی متفاوت. تولیدات دامی. ۱۵(۱): ۶۵-۷۷٫

فروتنی فر، ص. ح. مهربانی یگانه، م. مرادی شهر بابک. ۱۳۹۱٫ مقایسه صحت برآورد ارزش‌های اصلاحی ژنومی و رایج با استفاده از تجزیه دوصفتی و تک صفتی. مجله علوم دامی ایران. ۴۳(۴): ۴۹۷-۵۰۴٫

وطن‌خواه، ۱۳۹۲٫ بررسی تاثیر ایمنی حاصل از آغوز بر راندمان بره‌های لری بختیاری. مجله پژوهش در نشخوارکنندگان. ۱(۱): ۳۱-۴۱٫

اقبال سعید، ش. طغیانی، م. قائدی، ک. نصر اصفهانی، م.ح. ۱۳۸۹٫ بررسی ژن‌های عمده موثر بر تخمک اندازی و چندقلوزایی گوسفندان. ژنتیک در هزاره سوم. دوره ۸٫ شماره ۴٫ ۲۱۶۹-۲۱۸۹٫

دلجو عیسی لو، ح.ع. ۱۳۹۱٫ مقایسه مدل خطی و آستانه‌ای در برآورد پارامترهای ژنتیکی و فنوتیپی برخی صفات تولیدمثلی گوسفند مغانی. مجله دانش و پژوهش علوم دامی. ۱۳: ۱۲-۲۱٫

زرگریان، ف. م. امین افشار. م. ساعتچی، ع. نوشهری. ۱۳۸۹٫ تاثیر افزایش تراکم نشانگرها بر صحت پیش‌بینی ارزش‌های اصلاحی. فصلنامه زیست شناسی شیل آزمایش. سال دوم. شماره ۱٫ ۳۷-۴۴٫

شیرعلی، م. س.ر. میرایی آشتیانی، ع. پاکدل، ک. هیلی، ر پونگ ونوگ. ۱۳۹۱٫ مقایسه بین ‌BayesC و GBLUP در برآورد ارزش‌های اصلاحی ژنومی در توزیع‌های متفاوت واریانس ژن‌های عمده اثر. مجله علوم دامی ایران. ۴۳ (۲): ۲۶۱-۲۶۸٫

Falconer, D. S., T. F. Mackay, and R. Frankham. 1996. Introduction to quantitative genetics (4th edn). Trends in Genetics 12: 280.

Lynch, M., and B. Walsh. 1998. Genetics and analysis of quantitative traits. Sinauer Sunderland.

Dekkers, J. C. 2004. Commercial application of marker-and gene-assisted selection in livestock: strategies and lessons. J. Anim. Sci 82: E313-E328.

Dekkers, J. C. 2012. Application of genomics tools to animal breeding. Current genomics 13: 207.

Silva, M. V. et al. 2014. The development of genomics applied to dairy breeding. Livestock Science 166: 66-75.

Dickerson, G. 1978. Animal size and efficiency: basic concepts. Animal production 27: 367-379.

Hansen, M., J. VanZandt, and G. Law. 1967. DIFFERENCES IN SUSCEPTIBILITY TO MAREKS DISEASE IN CHICKENS CARRYING 2 DIFFERENT B LOCUS BLOOD GROUP ALLELES. In: Poultry Science. p 1268-&.

Hayes, B., P. Bowman, A. Chamberlain, and M. Goddard. 2009. Invited review: Genomic selection in dairy cattle: Progress and challenges. Journal of dairy science 92: 433-443.

Hayes, B., P. Bowman, H. Daetwyler, J. Kijas, and J. Van der Werf. 2012. Accuracy of genotype imputation in sheep breeds. Animal genetics 43: 72-80.

۲-۱- اهداف اصلاح نژاد

مهم‌ترین هدف در اصلاح دام، شناسایی افرادی است که دارای بالاترین ارزش اصلاحی برای صفات موردنظر اصلاحگر بوده و شرکت دادن این افراد در چرخه تولید مثلی به‌عنوان والدین نسل بعد می‌باشد. عملکرد فرد، معمولاً شامل ترکیبی از چندین مشخصه یا صفت می‌باشد که عمده آن‌ها طبیعت و ماهیت کمّی دارند. صفات کمّی معمولاً به وسیله چند و یا حتی تعداد زیادی ژن (شاید بیشتر از هزار) همراه با اثرات محیطی کنترل می‌شوند (فالکونر و مَک‌کی، ۱۹۹۶). صفاتی مانند نرخ رشد، تولید شیر، تولید چربی و پروتئین از این قبیل‌اند. مهم‌ترین معیار که برای تعیین شایستگی افراد کاندیدا به‌کار می‌رود برآوردهای ارزش اصلاحی افراد برای صفات مورد علاقه (موردنظر) می‌باشد. ارزش اصلاحی یک فرد به‌صورت مجموع ارزش‌های ژنتیکی افزایشی برای تمام جایگاه‌هایی که در کنترل صفت سهیم‌اند (جایگاه‌های کنترل کننده صفات کمی، Quantitative Trait Loci) تعریف می‌شود.

تا کنون، اطلاعات فنوتیپی زیادی برای صفات اقتصادی در دامپروری، جمع‌آوری شده و به‌عنوان منبع اصلی اطلاعات جهت برآورد ارزش اصلاحی کاندیداهای انتخاب مورد استفاده قرار گرفته است. برای رسیدن به این هدف، روش‌های آماری پیچیده‌ای بر اساس متدولوژی مدل‌های خطی مختلط با خاصیت بهترین پیش‌بینی نااریب خطی (BLUP) به‌کارگرفته شده است (هندرسون، ۱۹۸۷؛ لینچ و والش، ۱۹۹۸). این روش‌ها بر استفاده از اطلاعات فنوتیپی خود فرد و خویشاوندانش به‌منظور بیشینه کردن صحت برآورد ارزش‌های اصلاحی تاکید داشته‌اند. اگر صحت را به‌عنوان همبستگی بین ارزش اصلاحی واقعی و برآورد شده تعریف کنیم می‌توان آن را به‌عنوان مهم‌ترین شاخصه نرخ پیشرفت ژنتیکی که می‌تواند در یک برنامه اصلاحی در واحد زمان حاصل شود پذیرفت. عواملی چون شدت انتخاب، صحت انتخاب و فاصله نسل در پیشرفت ژنتیکی موثرند. نرخ پیشرفت ژنتیکی مورد انتظار در واحد زمان، با شدت و صحت انتخاب ارتباط مستقیم دارد اما با فاصله نسل نسبتی معکوس دارد (فالکونر و مَک‌کی، ۱۹۹۶).

۲-۲- روش‌های ارزیابی کلاسیک

در اواخر نیمه اول قرن بیستم، روش شاخص انتخاب توسط هیزل و لاش (۱۹۴۳) معرفی شد. این روش همبستگی بین مقادیر فنوتیپی، رابطه ژنتیکی بین افراد دارای رکورد و حیوانات مورد ارزیابی را در نظر می‌گرفت. با استفاده از این روش امکان ترکیب اطلاعات زیادی در یک هدف اصلاحی فراهم گردید. در شاخص‌ها، مهم‌ترین خصوصیت و ویژگی کاهش خطای پیش‌بینی، حداکثر کردن همبستگی بین ارزش ژنتیکی برآورد شده و حقیقی بود. بنابراین، استفاده از اطلاعات دیگر حیوانات منجر به افزایش درصحت ارزیابی‌ها شد (سیلوا و همکاران، ۲۰۱۴).

با توسعه روش‌های مدل مختلط توسط هندرسون (۱۹۴۹) ارزیابی ژنتیکی با استفاده از برآوردهای دقیق‌تر ارزش‌های اصلاحی شروع شد. ابتدا، از طریق مدل پدری که ارتباطات والد-فرزندی را در نظر می‌گیرد و سپس از طریق مدل حیوان که تمام روابط شناخته شده در بین حیوانات در شجره را در نظر می‌گرفت ارزیابی‌ها انجام شد. با استفاده از این روش، برآورد همزمان اثرات ثابت (BLUE) و اثرات تصادفی (BLUP) ممکن شد. درنتیجه، ارزش‌های اصلاحی با خاصیت BLUP برای تمام حیوانات موجود در شجره به‌دست آمد. این روش اگر چه، خصوصیات آماری مشابهی با روش شاخص انتخاب دارد اما به‌طور مستقیم برآوردهای ارزش‌های اصلاحی را ارایه می‌دهد. اما در روش شاخص انتخاب ضرایب شاخص و ارزش‌های اصلاحی در مراحل جداگانه‌ای حاصل می‌شوند. ارزش‌های اصلاحی برآورد شده با استفاده از معادلات مدل‌های مختلط به‌طور گسترده‌ای به‌عنوان ابزار انتخاب مورد استفاده قرار گرفتند (سیلوا و همکاران، ۲۰۱۴).

اگرچه برنامه‌های انتخاب بر اساس ارزش‌های اصلاحی برآورد شده از فنوتیپ تاکنون خیلی موفقیت آمیز بوده‌اند اما این روش نیز دارای محدو دیت‌هایی است (دِکرز، ۲۰۱۲):

۱) به‌منظور برآورد ارزش‌های اصلاحی قابل اعتماد برای کاندیداهای انتخاب، داشتن اطلاعات فنوتیپی از حیوان و یا از خویشاوندان نزدیک ضروری است. درنتیجه، علاوه بر هزینه‌های رکوردگیری، برخی صفات مورد علاقه اصلاحگران فقط در اواخر دوره زندگی (مانند ماندگاری) و یا فقط در یک جنس (مانند تولید شیر در گاو شیری) بروز می‌یابند، و نیز صفاتی که نیاز به کشتار حیوان دارند (صفات کیفیت گوشت) ارزیابی را با محدودیت مواجه می‌کند.

۲) تئوری این مدل بر اساس مدل ژنتیکی بی‌نهایت ژن موثر بر صفات کمی ارایه شده است (فالکونر و مَک‌کی، ۱۹۹۶). در این مدل فرض شده است که صفت به وسیله تعداد بی‌نهایت ژن غیر همبسته با اثرات افزایشی و خیلی کوچک کنترل می‌شوند. در حالیکه تعداد ژن‌ها نمی‌تواند بی‌نهایت باشد. همچنین نوترکیبی حاصل از لینکاژ نیز که خود عامل مهمی در تنوع است را در نظر نمی‌‌گیرد. هرچند ممکن است تعداد زیادی ژن با اثر کوچک بر صفت موثر باشند اما در بسیاری از صفات قسمت عمده‌ای از تنوع توسط تعداد محدودی ژن بزرگ اثر کنترل می‌شود (عبدالهی و همکاران، ۱۳۹۱؛ کالوس، ۲۰۱۰؛ دِکرز، ۲۰۱۲).

۳- با توجه به اینکه در BLUP از ماتریس روابط خویشاوندی استفاده می‌شود و در تشکیل این ماتریس، واریانس برآوردها در نظر گرفته نشده و از میانگین رابطه خویشاوندی استفاده می‌شود، عملاً ضرایب بین افراد حاصل از یک تلاقی یکسان برآورد می‌شود. درنتیجه به دلیل در نظر نگرفتن اثر نمونه‌گیری مندلی (ترکیب تصادفی کروموزوم‌ها در مرحله گامتوژنز) احتمال انتخاب حیوانات خویشاوند و افزایش هم‌خونی بالا می‌رود. همچنین صحت این برآوردها تا حدود زیادی تابع صحت و کیفیت شجره می­باشند (کالوس، ۲۰۱۰).

۲-۳- استفاده از منابع اطلاعاتی نشانگری

استفاده از منابع اطلاعاتی دیگر به‌منظور رفع محدودیت‌های ارزیابی کلاسیک و به‌دست آوردن ارزش‌های ژنتیکی زود هنگام از کاندیداهای انتخاب دارای تاریخی کهن است. نخستین تلاش‌ها، روی صفات اندیکاتور (شاخص)، مقادیر فیزیولوژیکی و مارکرهای خونی صورت گرفت. یکی از موارد موفقیت آمیز اولیه، استفاده از گروه‌های خونی به‌عنوان نشانگرهای مولکولی برای افزایش مقاومت ژنتیکی در طیور بوده است (هانسِن و همکاران، ۱۹۶۷). مقدار سرم IGF-1 اندازه‌گیری شده در سنین اولیه در گاو و خوک به‌عنوان شاخص کارایی رشد نیز مثالی از مقادیر فیزیولوژیک می‌باشد (بانتِر و همکاران، ۲۰۰۵). به‌طور کلی، استفاده از صفات شاخص به‌وی‍ژه صفات شاخص فیزیولوژیک قابل اندازه‌گیری در خون محدود بود.

در دهه ۹۰ میلادی استفاده از ماتریس روابط آللی (به‌جای ماتریس روابط خویشاوندی) در معادلات مدل‌های مختلط توسط نجاتی-جوارمی و همکاران (۱۹۹۷) مطرح شد. نتایج مطالعه آن‌ها که برای اولین بار اطلاعات ژنومی را در ارزیابی‌های حیوانات اهلی دخیل می‌داد نشان داد که ارزش‌های اصلاحی برآورد شده به مقدار حقیقی خود نزدیک‌تر شده و پاسخ به انتخاب بیشتر خواهد شد. همچنین نرخ پیشرفت ژنتیکی برای صفاتی که دارای وراثت­پذیری پایین بودند، یا اینکه تحت تاثیر تعداد اندکی QTL و یا تعداد کمتر آلل در هر جایگاه بودند بیشتر بود. پر واضح است دلیل بهبود نرخ پیشرفت ژنتیکی در این روش ارزیابی، نسبت به روش استفاده از اطلاعات شجره، نشان دادن دقیق‌تر رابطه بین افراد جمعیت بود. زیرا به‌جای استفاده از متوسط رابطه خویشاوندی، حالت همسانی در موقعیت (Identical By State) و تنوع ژنی موجود را نیز در نظر داشت. هرچند که در این مطالعه اثرات QTL به‌طور مستقیم و همزمان با اثرات پلی‌ژنیک در مدل وارد نشده بود؛ اما این محققین بیان کردند درصورتی‌که بتوان اثرات QTL را در مدل وارد نمود، پیشرفت ژنتیکی تسریع خواهد شد.

در تایید سودمندی استفاده از اطلاعات ژنومی ویلانِوا و همکاران (۲۰۰۵) گزارش کردند حتی درصورتی‌که مدل ژنتیکی صفت موردنظر مدل بی‌نهایت ژن باشد و هیچ ژنی دارای اثر بزرگ نباشد، استفاده از ماتریس روابط خویشاوندی آللی و یا استفاده از اطلاعات نشانگری در برنامه‌های انتخاب مفید و منجر به پاسخ به انتخاب مطلوب‌تر خواهد بود.

۲-۴- انتخاب به کمک نشانگر

برخی خصوصیات یا صفات که تفرق همزمان با صفت داشته باشند را می‌توان به‌عنوان نشانه‌ای برای ژنوتیپ خاصی از صفت دانست. انتخاب غیرمستقیم برای صفت بر اساس آن نشانه را انتخاب به کمک نشانگر می‌گویند. نشانگرها می‌توانند مبتنی بر خواص ظاهری، پروتئین و یا DNA باشند. نشانگرهای DNA به بخشی از ژنوم اطلاق می‌گردد که با تنوع صفت خاصی مرتبط باشد (مونتالدو و مِزا-هِرِرا، ۱۹۹۸).

انتخاب بر اساس نشانگرها در خصوص صفاتی که از ارزیابی‌های کلاسیک چندان بهره نمی‌برند مفید خواهد بود. به‌طوری‌که، همزمان از اطلاعات فنوتیپی و نشانگرهای مولکولی در سطح ژنوم (در حالت عدم تعادل لینکاژی با QTL) استفاده می‌کند (دِکرز، ۲۰۰۴). از این روش در انتخاب گاوهای نر جوان برای ورود به مرحله آزمون نتاج در صنعت گاوشیری استفاده شده است (گئورجِس و همکاران، ۱۹۹۵؛ ماکینون و گئورجِس، ۱۹۹۸).

استفاده از اطلاعات مولکولی به‌منظور بهبود ژنتیکی در گاوهای شیری برای اولین بار در اواخر دهه ۱۹۶۰ توسط (اسمیت، ۱۹۶۷) به‌خصوص برای صفاتی که بهبودشان با استفاده از برنامه‌های اصلاح نژاد سنتی مشکل بود پیشنهاد شد. اما در عمل، ظهور دوران استفاده از ژنتیک مولکولی به اوایل دهه ۷۰ برمی‌‌گردد که فرصت جدیدی را در برنامه‌های اصلاح نژادی ایجاد کرد که بتوان از نشانگرهای DNA برای شناسایی ژن یا مناطق ژنومی کنترل کننده صفات موردنظر استفاده کرد. اولین کاربرد مشهور این روش، کشف اساس ژنتیکی و توسعه آزمون‌های نقایص ژنتیکی (تک جایگاهی) بود. در خصوص صفات کمّی نیز، این پیشرفت‌ها منجر به شناسایی QTL و توسعه تست‌های DNA شد. این تست‌ها به‌منظور کمک به تصمیم انتخاب یا حذف افراد کاندیدا در مراحل اولیه زندگی، در تکنیک انتخاب به کمک نشانگر به‌کار گرفته شدند. به‌طوری که با ترکیب اطلاعات حاصل از نشانگرهای ژنتیکی مرتبط با QTL و اطلاعات فنوتیپی، انتخاب انجام می‌شد (لَند و تامپسون، ۱۹۹۰؛ اسمیت و سیمپسون، ۱۹۸۶). با استفاده از این روش، نتایج بسیار مفیدی در خصوص شناسایی تعداد قابل توجهی QTL، ارتباطات نشانگر- فنوتیپ و برخی جهش‌های علّی حاصل شد (دِکرز، ۲۰۰۴). اما کاربرد این روش نیز در برنامه‌های اصلاح نژاد، به دلایلی با محدودیت همراه بود (دِکرز، ۲۰۰۴):

تمامی فایل های پیشینه تحقیق و پرسشنامه و مقالات مربوطه به صورت فایل دنلودی می باشند و شما به محض پرداخت آنلاین مبلغ همان لحظه قادر به دریافت فایل خواهید بود. این عملیات کاملاً خودکار بوده و توسط سیستم انجام می پذیرد. جهت پرداخت مبلغ شما به درگاه پرداخت یکی از بانک ها منتقل خواهید شد، برای پرداخت آنلاین از درگاه بانک این بانک ها، حتماً نیاز نیست که شما شماره کارت همان بانک را داشته باشید و بلکه شما میتوانید از طریق همه کارت های عضو شبکه بانکی، مبلغ  را پرداخت نمایید.