پیشینه تحقیق پورفیرین و کاربردهای دارویی و مشکلات آن و شبیه سازی دینامیک ملکولی دارای ۵۳ صفحه می باشد فایل پیشینه تحقیق به صورت ورد  word و قابل ویرایش می باشد. بلافاصله بعد از پرداخت و خرید لینک دنلود فایل نمایش داده می شود و قادر خواهید بود  آن را دانلود و دریافت نمایید . ضمناً لینک دانلود فایل همان لحظه به آدرس ایمیل ثبت شده شما ارسال می گردد.

فهرست مطالب

مقدمه    ۵
۱-۱- پورفیرین    ۵
۱-۲- خواص پورفیرینها    ۶
۱-۳- پورفیرینها و ترکیبات مرتبط    ۷
۱-۴- یونیزه شدن پورفیرینها    ۱۰
۱-۵- عوامل موثر بر فعالیت پورفیرینها    ۱۰
۱-۶- تجمع پورفیرین    ۱۱
۱-۷- کاربردهای دارویی پورفیرین ها    ۱۴
۱-۸- مشکلات پورفیرین و علت طراحی استخلافات:    ۱۶
شبیه سازی دینامیک ملکولی    ۱۶
۱-۹- تاریخچه شبیه سازی دینامیک ملکولی    ۱۶
۱-۱۰- شبیه سازی دینامیک ملکولی    ۱۷
۱-۱۱- اهداف دینامیک ملکولی    ۱۸
۱-۱۲- مکانیک آماری، دینامیک ملکولی(MD) و مبانی آن    ۱۸
۱-۱۳- معادلات حرکت    ۱۹
۱-۱۴- محاسبه خواص ترمودینامیکی ساده    ۲۱
۱-۱۴-۱- انرژی پتانسیل    ۲۱
۱-۱۴-۲- انرژی جنبشی    ۲۲
۱-۱۴-۳- انرژی کل    ۲۲
۱-۱۴-۴- ظرفیت گرمایی    ۲۲
۱-۱۵- میدانهای نیرو    ۲۳
۱-۱۵-۱- برهمکنشهای غیرپیوندی    ۲۳
۱-۱۵-۱-۱- برهمکنش‌های لنارد – جونز    ۲۴
۱-۱۵-۱-۲- برهمکنش کولمبی    ۲۵
۱-۱۵-۲- برهمکنشهای پیوندی    ۲۵
۱-۱۵-۲-۱- برهمکنش‌های کشش پیوندی    ۲۶
۱-۱۵-۲-۳-  برهمکنش‌های زاویه دای‌هدرال    ۲۷
۱-۱۶- روشهای حل معادلات حرکت کلاسیکی    ۲۸
۱-۱۶-۱- الگوریتم ورلت    ۲۸
۱-۱۷- نگاهی اجمالی به شبیه سازیهای MD پورفیرین    ۲۹
۱-۱۸- درمان فتودینامیکی    ۳۰
۱-۱۹- درمان فتودینامیکی با پورفیرین    ۳۰
داکینگ ملکولی    ۳۰
۱-۲۰- اتصالات مولکولی    ۳۰
۱-۲۱- بعضی از قوانین پایه    ۳۱
۱-۲۲- افنیته اتصال    ۳۱
۱-۲۳- تعیین محل اتصال    ۳۱
۱-۲۴- الگوریتم جستجو    ۳۲
۱-۲۵- نگرشی بر این روش    ۳۳
۱-۲۶- روشهای مقایسه الگوریتمها    ۳۴
ارتباط کمی ساختار-ویژگی    ۳۵
۱-۲۷ کمومتریکس    ۳۵
۱-۲۸- ارتباط کمی ساختار- ویژگی    ۳۶
۱-۲۹- جمع آوری سری داده ها    ۴۰
۱-۳۰- بهینه سازی ساختار هندسی ترکیبات    ۴۰
۱-۳۱- محاسبه توصیف کنندهها    ۴۰
۱-۳۲- انتخاب بهترین توصیف کنندهها    ۴۰
۱-۳۳- مدل سازی    ۴۱
۱-۳۳-۱- استفاده از روش های آماری چند متغیره    ۴۱
۱-۳۳-۲- استفاده از روش های غیر خطی    ۴۱
۱-۳۳-۳- رگرسیون خطی چندگانه(MLR)    ۴۲
۱-۳۴- آنالیز مدل های آماری و انتخاب مدل مناسب    ۴۲
۱-۳۵- تجزیه عاملی چیست؟    ۴۳
۱-۳۵-۱ روش تجزیه مؤلفه اصلی (PCA)    ۴۳
۱-۳۶- مروری بر مطالعات پیشین    ۴۴
منابع    ۴۷

منابع

. Manssnat, D. L. Vandeginste, B. G. Deming, S. N. Kaufman L., (1998). “Chemometrics”. A Text Book., Elsevier, Amesterdom.

. Romanelli, G. P. Autio, J. C. Castro. E. A., (2002). Turk.J.Chem., Vol. 26. PP. 335-343.

. Ribo, J. M. Crustas, J. Farrera, J. A. Valero; M. L., (1994). “Aggregation in water solutions of tetrasodium diprotonated meso-tetrakis (4-sulfonatophenyl)porphyrin”. Journal of Chemical Society., Vol. 2, PP. 681-682.

Hui-Li, M. Wei-Jun; J., (2008). “Molecular and Biomolecular Spectroscopy”. Spectrochimica Acta Part A., Vol. 5, PP. 1-8.

. Lamrabte, A. Janot, J. M. Bienvenue, E. Momenteau, M. Seta; P., (1991). “Mechanism and kinetic analysis of the photo-induced electron transfer mediated by a stacked metallotriporphyrin in planar lipid bilayers”. Photochemistry., Vol. 54, PP. 123-128.

. Pasternack, P. J., (1995). “Resonance light scattering: a new technique for studying chromophore aggregation”. Collings; Science., Vol. 269, PP. 935-939.

. Saxl, R. L. Changchien, L. Hardy L. W. Maley F. (2001). “Parameters Affecting the Restoration of Activity to Inactive Mutants of Thymidylate Synthase via Subunit Exchange, ” J. Biochem., Vol.  ۴۰, PP. 5275-5282.

. Potler, D. (1922). “Computational Physics“, Wiley, New York.

. Ewing, T., Makino, S., Skillman, A., Kuntz, I., (2001). “An analysis of docking study on tuberculosis inhibitors”. Comput Aided Mol. Des., Vol. 15, PP. 411-28.

. McConkey, B.J.; Sobolev, V.; Edelman, M., (2002). “The performance of current methods in ligand–protein docking”, Curent Science.Vol. 83. PP. 7-10.

. Warshel, A. Parson; W.W., (1987). “Spontaneously organized molecular assemblies. 3. Preparation and properties of solution adsorbed monolayers of organic disulfides on gold surfaces”. Journal of American Chemical Society., Vol. 109, PP. 6143-6147.

. Daivis, P. J. Evans, D. J. Morriss, G. P., (1992). “Computer simulation study of the comparative rheology of branched and linear alkanes”. Journal of Chemical physic., Vol. 97, PP. 616-627.

. Smith, S. W. Hall, C. K. Freeman, B. D., (1996). “Molecular dynamics study of entangled hard-chain fluids. “J. Chem. phys., Vol. 104, pp. 5615-5637.

. Paul, S. Amalraj, F. Radhakrishnan, S., (2009). “CO sensor based on polypyrrole functionalized with iron porphyrin”. Synthetic Metals., Vol. 159, PP. 1019–۱۰۲۳٫

Zhang, C. Suslick, K. S., (2005). “Syntheses of boronic-acidappended metalloporphyrins as potential colorimetric sensors for sugars and carbohydrates”. Porphyrins and Phthalocyanines., Vol. 9, PP. 659–۶۶۶٫

 مقدمه

۱-۱- پورفیرین

پورفیرین­ها گروهی از ترکیبات آلی هستد که در طبیعت به صورت های مختلفی وجود دارند. یکی از معروف ترین پورفیرین­های شناخته شده، هم می باشد که همان رنگدانه ی موجوددر سلول­های خون است و کوفاکتور سلول­های هموگلوبین است. آن ماکرو سیکل­های هترو سیکلی است که از ۴ واحد پیرول تغییر یافته تشکیل شده است و اتم کربن آلفا­ی آن از طریق پل­های متین به هم متصل شده­اند ]۱٫[

هر چند که کمپلکس­های پورفیرین طبیعی برای زندگی ضروری هستند ولی پورفیرین­های سنتزی کاربرد­های محدود تری دارند. به عنوان نمونه کمپلکس­های مزو-تترا فنیل پورفیرین، انواع مختلف واکنش­ها را در سنتز آلی کاتالیز می­کنند ولی هیچ کدام از آن ها ارزش کاربردی ندارد. ترکیبات پورفیرینی در بلوک­های ساختمانی سوپرا ملکولی و الکترونی ملکولی مورد توجه زیادی قرار گرفته­اند. فتالوسیانین­ها که ساختار مشابه با پورفیرین دارند در مصارف تجاری به عنوان رنگ­ها و کاتالیزور­ها به کار می­روند. رنگ­های پورفیرینی سنتزی که در طراحی سل­های خورشیدی به کار می­روند موضوع جدید تحقیقات پیشرفته است. ساختار ملکولی پورفیرین در سال ۱۹۱۲ توسط کاستر پیشنهاد شد ]۲[. در آن زمان تصور می­شد که چنین حلقه بزرگی ناپایدار است تا اینکه در سال ۱۹۲۹ فیشر[۱] توانست با سنتز پروتوهم[۲]  این ساختار مولکولی را برای پورفیرین تایید کند [۳]. ساده­ترین ساختار پورفیرین که فاقد استخلاف­های جانبی می­باشد و پورفین[۳] نامیده می­شود که در شکل ۱-۱ نشان داده شده ­است.

۱-۲- خواص پورفیرین­ها

پورفیرین­ها آروماتیک هستد و به دلیل آروماتیسیته از قانون هوکل پیروی می­کنند. دارای ۴n+2=π الکترون هستند که در ماکروسیکل مستقر شده است. بنابر این ماکروسیل­ها، سیستم های فوق العاده مزدوج هستند در نتیجه ی این امر، باند­های جذبی قوی در ناحیه­ی مرئی دارند و شدیدا رنگی می­باشند. اندازه­گیری گرمای سوختن و طیف بینی NMR پورفیرین­ها، آروماتیک بودن آن­ها را نشان می­دهد[۴]. نام پورفیرین از کلمه ی یونانی purple به معنای بنفش آمده است. ماکروسیل آن ٢۶الکترون پای دارد.

امروزه داده­های بلور­شناسی نشان می­دهند که مولکول پورفیرین به طور کامل سخت و انعطاف­ناپذیر نیست، بلکه یک سیستم انعطاف پذیر با سد انرژی پایین برای تغییر شکل­های خارج­صفحه­ای[۴]­ است و شکل هندسی آن به طور قابل توجهی تحت تاثیر برهم کنش­های بلوری بین مولکولی می­باشد به طوری که ساختار پورفیرین کاملا مسطح[۵] بوده و ساختار تترافنیل پورفیرین کاملا چین­خورده[۶] می­باشد [۵].

با جایگزینی گروه­های مختلف در موقعیت­های مختلف β پیرولی یا مزو، از مولکول پورفین به پورفیرین می­رسیم. از طرفی ویژگی الکترونی استخلاف­ها از جمله الکترون کشندگی یا الکترون دهندگی سبب تغییر خواص پورفیرین­ها می­شود [۶]. ترکیبات پورفیرینی که دارای دو هیدروژن بر روی نیتروژن­ها هستند، باز آزاد[۷] نامیده می­شوند (شکل ١-۲ الف). افزایش یک پروتون، منجر به تشکیل مونواسید[۸] یا مونوکاتیون (شکل ١-۲ ب) می­شود و افزایش یک پروتون دیگر، تشکیل دی­اسید[۹] یا دی­کاتیون (شکل ١-۲ ج) را می­دهد که در آن پورفیرین دارای بار ٢+ است. پورفیرین­ها می­توانند با از دست دادن دو هیدروژن خود در حالت باز آزاد، به صورت دی آنیون درآیند که در فرم دی­آنیون قادرند با یون­های فلزی ٢+ و ٣+ کمپلکس­های فلزی پورفیرین­ها را تشکیل دهند.

۱-۳- پورفیرین­ها و ترکیبات مرتبط

پورفیرین بدون فلز در حفره اش نیز باز آزاد نامیده می­شود. بعضی از پورفیرین­های حاوی آهن هم نامیده می­شوند. هم حاوی پروتئین ها هموپروتئین­ها می­باشد که به طور گسترده­ای در طبیعت یافت می­شود. هموگلوبین و میوگلوبین دو پروتئین پیوندی اکسیژن هستند که حاوی پورفیرین­های آهن دار می­باشند. چندین هتروسیکل دیگر در ارتباط با پورفیرین وجود دارد. این هتروسیکل­ها شامل کورین­ها، کلرین­ها، باکتریو­کلرفیل­ها و کورفین­ها می­باشد.

از شبه پورفیرین­های طبیعی می­توان به کورین­ها[۱۰] شکل(١-۳) اشاره کرد. کورین­ها ماکروسیکل­هایی متشکل از چهار حلقه پیرولی هستند که از چهار اتم نیتروژن خود برای اتصال به فلز استفاده می­کنند. کورین­ها در این حالت تقریبا شکل مسطح مربعی دارند.  تفاوت اصلی کورین با پورفیرین، نبود یک اتم کربن متین است که اتصال دهنده دو تا از حلقه­­های پیرول است. این عامل، سبب به هم ریختن هندسه فلز مرکزی است و نیز باعث به وجود آمدن برخی خواص جالب برای کمپلکس مذکور است.

کلرین­ها بیشتر احیا شده، هیدروژن بیشتری نسبت به پورفیرین دارند و زیر واحد پیرولینی دارند. این ساختار در کلروفیل رخ می­دهد. جایگزینی دو زیر واحد از چهار زیر واحد پیرولی با زیر واحد پیرولینی، منجر به باکتریوکلرین­ها می­شود که در باکتری­های فتوسنتز کننده یافت می­شود. پروتوپورفیرین[۱] (شکل١- ۴) یکی از فراوان­ترین پورفیرین­های موجود در طبیعت است. از جانشین کردن کربن­های ۵، ١٠، ١۵و٢٠ پورفین با نیتروژن و اتصال حلقه­های پیرول با چهار حلقه بنزن ترکیب معروف رنگی، به نام فتالوسیانین (شکل١-۵) حاصل می­شود. دو ترکیب مهم دیگر موجود در طبیعت کلروفیل[۲] (شکل١-۶) و ویتامین B₁₂ [7] (شکل١-۷) می­باشند.

ماکروسیکل­های تتراپیرولی، که پورفیرین­ها دسته­ای از آنها هستند، در طبیعت جهت اتصال فلز در سیستم­های آنزیمی و کمپلکس­های مربوطه استفاده می­شوند و عهده­دار کارهای زیادی هستند. توانایی کاتالیزوری پورفیرین­ها به وضعیت الکترونی فلز مرکزی، هندسه حلقه پورفیرین و طبیعت لیگاندهای محوری بستگی دارد [۸].

[۱]. portoporphyrin ΙΧ

[۲]. chlorophyll

[۱]. Fisher

[۲]. Protoheme

[۳]. Porphine

[۴]. out-of-plane deformations

[۵]. planar

[۶]. ruffled

[۷]. porphyrin free base

[۸]. monoacid

[۹]. diacid or dication

[۱۰]. corrins

تمامی فایل های پیشینه تحقیق و پرسشنامه و مقالات مربوطه به صورت فایل دنلودی می باشند و شما به محض پرداخت آنلاین مبلغ همان لحظه قادر به دریافت فایل خواهید بود. این عملیات کاملاً خودکار بوده و توسط سیستم انجام می پذیرد. جهت پرداخت مبلغ شما به درگاه پرداخت یکی از بانک ها منتقل خواهید شد، برای پرداخت آنلاین از درگاه بانک این بانک ها، حتماً نیاز نیست که شما شماره کارت همان بانک را داشته باشید و بلکه شما میتوانید از طریق همه کارت های عضو شبکه بانکی، مبلغ  را پرداخت نمایید.